La jurisprudencia de la Sala de lo Contencioso administrativo del TS acerca de la diferencia a efectos de prescripción entre la facultad de la Administración para comprobar y para liquidar, que aparece en el art. 115 de la Ley General Tributaria, en la redacción dada por la Ley 58/2003 que es la aplicable en nuestro caso, en la STS 1280/2019, 30 de septiembre , así como en las anteriores STS de 13 de marzo de 2016 y 5 de febrero de 2005 , entre otras, viene a sostener el criterio de que la facultad de comprobar no prescribe por lo que la Administración puede comprobar sin límite ejercicios prescritos cuando surta efectos en ejercicios posteriores no prescritos.
Dice así la STS 1134/2016, de 13 de marzo :
“Baste con señalar que en la Sentencia de 26 de octubre de 2015 (recurso de casación 3261/2014 ) hemos dicho de una forma rotunda (Fundamento de Derecho Cuarto):
“El actual criterio de la Sala, con superación del mantenido en la mencionada sentencia de 4 de julio de 2014 (rec. de cas. 581/2013) es el que se expresa en nuestra sentencia de 5 de febrero de 2015 (rec. de cas. 4075) que se reitera en la más reciente de 23 de marzo de 2015 (rec. de cas. 682/2014).
En ella dijimos: “La Administración tributaria siempre ha entendido que, de acuerdo con el artículo 66 de la LGT 2003 (antiguo 64 de la LGT 1963 ), prescribe el derecho para determinar la deuda tributaria mediante la oportuna liquidación. La comprobación e investigación de la situación tributaria, aunque necesaria para liquidar la deuda tributaria, no estaba sometida a plazo de prescripción o caducidad alguno y ello porque se trata de un poder de la Administración distinto del de liquidar, que siempre ha estado regulado en un precepto propio ( art. 115 de la LGT 2003 y 109 de la LGT 1963 ) y respecto del cual la legislación nunca ha establecido expresamente que su ejercicio esté sometido a plazo. El artículo 115 de la LGT 2003 califica a dicho poder de potestad. Estamos por tanto ante una potestad administrativa puesta al servicio de la Administración para poder liquidar un tributo pero que, salvo que la Ley diga otra cosa, es imprescriptible como todas las potestades administrativas. El artículo 115 de la LGT 2003 ( art. 109 LGT 1963 ) no somete a plazo el ejercicio de las potestades de comprobación e investigación y el artículo 66 de la misma Ley tampoco las incluye dentro de los derechos de la Administración llamados a prescribir.
Esta tesis de que “lo que prescribe es el derecho de laAdministración a determinar la deuda tributaria mediante la liquidación y a exigir el pago de las deudas liquidadas, no la actividad de comprobación, y que lo contrario sería como reconocer una especie de ultraactividad de la prescripción a ejercicios no afectados por ella”, no es ni mucho menos ajena a la previa jurisprudencia de este Alto Tribunal, pudiendo encontrarla sustentada, por todas, en sentencia de 19 de enero de 2012 (recurso 3726/2009 , F. de D. Sexto). No se puede, pues, excluir la posibilidad de que, dentro de las actuaciones de comprobación, puedan verificarse operaciones que integran el hecho imponible aun cuando tengan su origen en ejercicios fiscales ya prescritos.
Por las razones expuestas creemos que el derecho a comprobar e investigar no prescribe y que la Administración puede usar dichas facultades para liquidar periodos no prescritos, pudiendo para ello comprobar e investigar operaciones realizadas en periodos que sí lo están, pero que sigan produciendo efectos. Consecuentemente, con superación del criterio mantenido en la sentencia de 4 de julio de 2014 (casa. 581/2013 ), puede declararse en fraude de ley una operación realizada en ejercicio prescrito si fruto de dicha operación se producen efectos tributarios en ejercicios no prescritos.
Lo que se pretende es evitar que no se pueda actuar frente a la ilegalidad porque en un ejercicio prescrito la Administración no actuó frente a ella, pues ello equivaldría a consagrar en el ordenamiento tributario una suerte de principio de “igualdad fuera de la ley”, “igualdad en la ilegalidad” o “igualdad contra la ley”, proscrito por el Tribunal Constitucional en, entre otras, las siguientes sentencias 88/2003, de 19 de mayo y 81/2006, de 19 junio “.
Esta doctrina se recuerda en la posterior sentencia de 26 de febrero de 2015, cas. 4072/2013 , agregándose en ésta que la misma había sido recogida en otras sentencias como la de 14 de septiembre de 2011, rec. cas. 402/2008 , en la que se declaró:
“El problema planteado es que si producida la prescripción del ejercicio 1995, dicha Administración puede o no ejercer funciones de investigación o comprobación sobre hechos económicos acaecidos en ese ejercicio, aunque ello solo sea para determinar hechos imponibles que se producen en ejercicios posteriores y no prescritos”.